两人合伙公司股权51%和49%的分配方式，从法律角度来看是合法的，但从公司治理和股权结构稳定性的角度来看，并不推荐。

详细分析：

1. 合法性：

   • 根据《公司法》及相关法律法规，两人合伙公司的股权分配比例并没有严格的法律限制，只要双方协商一致，且符合公司章程的规定，51%和49%的股权分配是合法的。

2. 公司治理与稳定性：

   • 控制权问题：持股51%的股东拥有相对控制权，可以决定公司的大多数事项。然而，这种微弱的控制权优势可能导致另一股东（持股49%）的不满，长期下来可能挫伤其积极性，甚至引发内部矛盾。
   • 融资稀释风险：未来公司如需融资，新的股东加入会稀释原有股东的股权。在这种情况下，原本持股51%的股东可能会失去控制权，而持股49%的股东则更难以获得控制权，这可能导致公司治理的不稳定。
   • 决策效率：股权相近的两位股东在决策时可能难以达成一致，影响公司的决策效率和运营效率。

3. 建议：

   • 优化股权结构：为了避免上述风险，建议两人合伙公司在股权分配时尽量形成明显的控制权差异，如70%:30%或67%:33%等，以确保公司治理的稳定性和决策的高效性。
   • 签署一致行动协议：如果双方坚持51%:49%的股权分配，可以考虑签署一致行动协议，约定在某些重大事项上保持一致行动，以减少决策分歧。
   • 考虑股权激励机制：为了平衡双方利益，可以考虑设立股权激励机制，将部分股权用于激励员工或未来可能加入的重要人才，同时保持创始人的控制权。

综上所述，虽然两人合伙公司股权51%和49%的分配方式在法律上是合法的，但从公司治理和股权结构稳定性的角度来看，并不推荐这种分配方式。建议双方在协商股权分配时，充分考虑公司治理的稳定性和决策的高效性，以确保公司的长期发展。