公司为了开具普票而另外注册小规模企业，这一行为本身是合法的。但是，是否选择这样做，需要综合考虑税务、运营等多方面的因素。以下是对此问题的详细分析：
一. 合法性分析
注册小规模企业的合法性：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，公司可以根据业务需要，依法注册成立新的企业，包括小规模企业。因此，从法律层面讲，为了开具普票而注册小规模企业是合法的。
税务合规性：小规模企业在税务上享有一定的优惠政策，如简易计税方法等。但需要注意的是，注册小规模企业后，必须遵守相关税法规定，如实申报纳税，不得存在偷税、漏税等违法行为。
二. 税务考虑
税负对比：小规模纳税人通常按照销售额和征收率计算应纳税额，征收率较低（一般为3%，但具体可能因地区、行业等因素有所不同）。而一般纳税人则需要按照销项税额减去进项税额的方式计算应纳税额。因此，在税负上，小规模企业可能相对较低。
发票管理：小规模企业可以开具普通发票，但无法开具增值税专用发票。如果公司的业务需要频繁开具增值税专用发票，那么注册小规模企业可能并不合适。
三. 运营考虑
运营成本：注册新企业需要投入一定的时间、金钱和精力进行工商注册、税务登记、银行账户开设等一系列工作。此外，还需要考虑新企业的日常运营成本，如人员工资、办公费用等。
业务协同：如果新注册的小规模企业与原公司存在业务往来，需要确保两者之间的业务协同和财务清晰。避免出现关联交易、资金混同等问题。
我建议：公司在决定是否为了开具普票而另外注册小规模企业时，应综合考虑税务、运营等多方面的因素。如果只是为了简化税务处理或享受小规模企业的税收优惠，而忽略了其他方面的成本和风险，那么这一做法可能并不明智。如有进一步需要，您可以继续咨询我。