商事仲裁员不可以代理其任职机构的案件。下面我将从法律角度和职业操守两个方面进行解释：

1. 法律角度：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》及相关规定，商事仲裁员作为独立的第三方，负责公正、公平地裁决案件。他们应当保持中立，不偏不倚地处理争议。
   • 如果商事仲裁员代理其任职机构的案件，将严重违反仲裁的公正性原则，因为这将导致仲裁员在裁决过程中可能偏袒自己任职的机构，损害另一方的合法权益。

2. 职业操守：

   • 商事仲裁员作为专业人士，应当遵守职业道德和操守规范。代理自己任职机构的案件将严重违背这些规范，损害仲裁员的声誉和公信力。
   • 仲裁机构也会对仲裁员的行为进行监督和约束，以确保仲裁的公正性和独立性。如果仲裁员违反规定代理任职机构的案件，将面临严重的法律后果和职业操守处罚。

综上所述，商事仲裁员不可以代理其任职机构的案件，这是为了维护仲裁的公正性、独立性和仲裁员的职业操守。如果你对此有更多疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。