市场监管处理不当造成损失的认定方法及程序，主要依据相关法律规定及行政程序进行。

一. 损失的认定方法

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，若市场监管处理不当导致当事人受损，该当事人可依据《中华人民共和国民法典》第九百八十七条请求得利人（此处可能指因市场监管不当而获益的第三方或监管机构需承担的责任方）返还其取得的利益并依法赔偿损失。若得利人已将利益无偿转让给第三人，受损失的人可依据《中华人民共和国民法典》第九百八十八条请求第三人在相应范围内承担返还义务。
2. 认定标准：损失的认定应基于实际损失的大小，包括直接损失和间接损失。直接损失如因市场监管处理不当导致的财物损失、经营损失等；间接损失如因市场监管处理不当导致的信誉损失、机会损失等。当事人需提供充分证据以证明其损失的存在及大小。

二. 处理程序

1. 提出申诉：当事人认为市场监管处理不当导致其损失的，应首先向作出处理决定的市场监管部门提出申诉，要求其纠正错误并赔偿损失。
2. 行政复议或行政诉讼：若市场监管部门未予回应或当事人对其回应不满，可依据《中华人民共和国行政复议法》或《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，向上级市场监管部门或人民法院申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认市场监管处理不当并赔偿损失。
3. 赔偿协商与裁决：在行政复议或行政诉讼过程中，当事人可与市场监管部门就赔偿问题进行协商。若协商不成，可由复议机关或人民法院根据案件实际情况，依法作出赔偿裁决。

我建议，在处理此类问题时，当事人应保留好相关证据，如市场监管处理决定、损失证明等，以便在申诉、行政复议或行政诉讼中有效维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。