针对您提出的“持证收烟被查了怎么行政处罚”的问题，以下是根据相关法律法规和实际情况为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，持有烟草专卖零售许可证的公民、法人或社会团体，在合法范围内有权从事烟草制品的零售业务，并且应当从当地烟草专卖批发企业进货。这是《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》等法律法规所明确规定的。

然而，如果持证者违反了上述规定，比如通过非正规渠道（即非当地烟草专卖批发企业）购买烟草制品，那么其行为就可能触犯相关条例，并面临相应的行政处罚。

具体来说，根据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》的相关规定，对于取得烟草专卖零售许可证的企业或者个人，如果未在当地烟草专卖批发企业进货，将由烟草专卖行政主管部门没收违法所得，并可处以进货总额5%以上10%以下的罚款。这是针对违规进货行为的主要处罚措施。

此外，如果持证者因违法生产经营烟草专卖品一年内被烟草专卖局或者其他执法机关处罚两次以上，根据《烟草专卖许可证管理办法》和《烟草专卖许可证管理办法实施细则》的相关规定，发证机关还可以责令持证人暂停烟草专卖业务、进行整顿，整顿期限最长不得超过6个月。在整顿期间，烟草专卖局将加强监管，并根据整顿情况决定是否准予恢复营业。如果情节严重，甚至可能取消其从事烟草专卖业务的资格。

综上所述，持证收烟被查后的行政处罚主要包括没收违法所得、罚款、暂停烟草专卖业务进行整顿以及取消从事烟草专卖业务资格等。具体处罚措施会根据违规行为的严重程度和次数等因素由烟草专卖行政主管部门依法决定。因此，建议持证者严格遵守相关法律法规和规定，确保合法经营。