工程间距问题应当通过签订合同来明确。以下是详细分析：

1. 合同与协议的区别：

   • 合同：是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议，其对象并非仅指“物”，还包括行为等。合同受《民法典》合同编的调整，具有明确的法律约束力。
   • 协议：是双方当事人的意思表示一致，但并非所有的协议都具备法律约束力。有些协议可能只是双方的一种约定或谅解，并不构成法律上的权利义务关系。

2. 工程间距的性质：

   • 工程间距通常涉及到建设工程的规划、设计、施工等多个方面，是工程建设中的重要参数。
   • 明确工程间距对于确保工程安全、避免邻里纠纷具有重要意义。

3. 为何选择合同：

   • 法律约束力：合同具有明确的法律约束力，一旦签订，双方必须严格履行合同约定的义务。
   • 内容详尽：合同可以详细规定工程间距的具体数值、测量方法、违约责任等条款，为双方提供明确的指导。
   • 争议解决：在合同履行过程中，如果双方发生争议，可以依据合同条款通过法律途径解决。

4. 实际操作建议：

   • 在签订合同时，应明确工程间距的具体数值和测量方法，以及双方的权利义务和违约责任。
   • 如果可能，可以请专业律师参与合同的起草和审查，以确保合同条款的合法性和有效性。

综上所述，工程间距问题应当通过签订合同来明确，以确保双方的权利义务得到明确界定和有效保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。