施工企业不能代理业主。在施工合同关系中，施工企业和业主是合同的双方主体，各自承担不同的权利和义务。施工企业主要负责按照合同约定进行施工，而业主则负责提供施工条件、支付工程款项等。

从法律角度来看，代理是指代理人以被代理人的名义，在代理权限内与第三人实施民事行为，其法律后果直接由被代理人承受的民事法律制度。在施工合同关系中，施工企业并不具备代理业主的法定资格或约定资格，因此不能代理业主与第三人实施民事行为。

此外，施工企业和业主在合同中的地位是平等的，各自独立承担合同责任。如果施工企业代理业主，将会破坏这种平等关系，导致合同责任不清，容易引发纠纷。

因此，施工企业不能代理业主，而应当严格按照施工合同的约定履行自己的义务，确保工程的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。