工程代理机构业主可以确定，但需遵循相关法律法规及程序。
一. 工程代理机构的选择与确定
业主的自主权：在工程项目中，业主作为项目的发起方和资金提供者，通常拥有选择工程代理机构的自主权。业主可以根据项目的具体需求、代理机构的资质、经验、信誉等因素，综合考虑后确定合适的代理机构。
法律法规的约束：虽然业主有权选择工程代理机构，但这一过程必须遵循国家相关的法律法规，如《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》等。这些法律法规对工程项目的招标、投标、评标等过程都有明确的规定，业主在选择代理机构时，必须确保代理机构具备相应的资质，并遵循法定的程序。
程序的规范性：业主在确定工程代理机构时，通常需要经过一定的程序，如发布招标公告、组织评标、签订代理合同等。这些程序不仅有助于确保选择过程的公正性和透明度，也有助于保护业主和代理机构的合法权益。
二. 实际操作中的注意事项
资质审查：业主在选择工程代理机构时，应首先审查其是否具备相应的资质证书，如工程招标代理机构资格证书等。这是确保代理机构具备专业能力和信誉的重要步骤。
合同签订：确定代理机构后，业主应与代理机构签订正式的代理合同，明确双方的权利和义务，以及代理工作的具体内容和范围。这有助于避免后续可能出现的纠纷和争议。
监督与管理：在代理过程中，业主应对代理机构的工作进行监督和管理，确保其按照合同约定的内容和要求进行工作。如发现代理机构存在违规行为或工作不力等情况，业主应及时采取措施予以纠正或终止代理关系。
我建议：在确定工程代理机构时，业主应充分了解代理机构的资质、经验、信誉等情况，并遵循法定的程序和规范进行操作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。