爷爷跟孙子做亲子鉴定不能得出父子关系。以下是对此问题的详细分析：

一. 亲子鉴定与亲缘鉴定的区别

1. 亲子鉴定：通常是指父母与子女之间的生物学关系鉴定，用于确认他们之间是否存在直接的血缘关系。
2. 亲缘鉴定：则是一个更广泛的概念，它包括除亲子关系外的其他家族血缘关系鉴定。例如，爷孙关系、叔侄关系、兄弟姐妹关系等。在没有父母参与的情况下，鉴定同胞兄弟姐妹的关系，或者在没有直系亲属存在的时候鉴定爷孙关系等，都属于亲缘鉴定的范畴。

二. 爷爷与孙子之间的鉴定

1. 血缘关系分析：爷爷和孙子共享一定比例的基因，但并非直接的父子关系。通常情况下，爷爷与孙子之间的基因重叠约为25%，而父母与子女之间的基因重叠为50%。因此，爷爷与孙子之间的亲子鉴定结果需要通过间接分析来推测，且结果的准确性相对较弱。
2. 鉴定目的与选择：如果仅仅是为了了解家庭血缘关系，可以选择进行此类鉴定。但如果涉及到法律事务，如遗产继承、监护权等，建议选择父母与子女的亲子鉴定结果作为证据，因为爷爷与孙子之间的亲子鉴定结果通常不具有同等的法律效力。

三. 鉴定流程与注意事项

1. 样本采集：进行亲子鉴定时，需要采集样本，如口腔拭子、血液或唾液等。采样过程简单且无创。
2. 选择专业机构：为确保鉴定结果的准确性，应选择有资质的正规机构进行鉴定。
3. 明确鉴定目的：在进行爷爷和孙子的亲子鉴定前，应明确鉴定的目的。如果涉及到法律事务，应考虑其他更直接的亲子鉴定方法。

综上所述，爷爷跟孙子做亲子鉴定不能得出父子关系。实际上，这种鉴定应被称为亲缘鉴定而非亲子鉴定。亲缘鉴定可以在某些情况下提供重要的法律依据和证明，但在法律效力上通常不如父母与子女之间的亲子鉴定。因此，在进行此类鉴定前，应明确鉴定目的并选择合适的鉴定机构。如有进一步需要，您可以继续咨询我。