在工程结束后，若甲方未按照合同规定付款，乙方不能直接拒绝维修，但可以根据具体情况及合同约定来判断是否可以暂停维修。以下是对此问题的详细分析：
基于合同约定：
- 合同是双方权利义务的明确约定。如果合同中明确规定了甲方未按时付款时，乙方有权停止后期工程维修，那么乙方依据此约定停止维修是合法的。
基于法定权利：
- 同时履行抗辩权：根据《中华人民共和国民法典》第五百二十五条，如果合同中付款义务与维修义务没有明确的先后履行顺序，甲方未履行付款义务时，乙方有权基于同时履行抗辩权停止后期工程维修。
- 先履行抗辩权：依据《中华人民共和国民法典》第五百二十六条，如果合同约定甲方应先付款，乙方再维修，那么在甲方未付款的情况下，乙方有权行使先履行抗辩权，暂停维修工作。
然而，也需要注意以下限制和风险：
- 法定义务的限制：对于涉及公共安全、人身健康等法定的工程质量保修义务，如地基基础工程和主体结构工程的保修责任，乙方不能因甲方未付款而擅自停止履行。
- 违约责任风险：如果乙方未经合法程序擅自停止后期工程维修，可能构成违约，甲方有权追究乙方的违约责任。
因此，建议乙方在面临甲方未按时付款的情况时，采取以下操作方式：
- 书面催款与通知：首先通过书面函件等方式向甲方明确指出其未付款的违约行为，并告知可能采取的措施。
- 协商解决问题：尝试与甲方进行协商，寻求解决问题的途径。
- 法律途径维权：若协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，乙方在甲方未按时付款时，应综合考虑合同约定、法定权利以及可能的限制和风险，在确保行为合法性的前提下，采取适当措施保护自身权益。如果你有任何具体的合同问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。