二级企业变更法人后，其债务仍由公司以其全部财产承担。具体分析如下：

一. 债务承担主体不变

• 根据《中华人民共和国公司法》第三条：“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任”。这表明，无论企业是否变更法人，其债务都由公司自身承担，与法人的变更无关。

二. 股东责任有限

• 同样是《中华人民共和国公司法》第三条和第四条的规定，有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任，股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。这意味着，股东的个人财产不会因公司法人的变更而直接用于承担公司的债务。

三. 法律保护的连续性

• 公司的合法权益受法律保护，不受侵犯。这一原则同样适用于公司债务的承担。即使公司法人发生变更，公司的债务和债权关系仍然受到法律的保护，不会因为法人的变更而消灭或转移。

• 例如，假设一个二级企业原本由A担任法人，后因业务需要变更为B担任法人。在该企业变更法人前，它欠下了某供应商一笔货款。根据《中华人民共和国公司法》的规定，这笔货款应由企业以其全部财产承担，无论法人是否变更。供应商不能因为企业法人的变更而要求原法人A或个人股东承担这笔债务。

综上所述，二级企业变更法人后，其债务的处理方式并未发生变化，仍由公司以其全部财产承担。如有进一步需要，您可以继续咨询我。