在合作关系结束后，营业执照的处理方式主要取决于合作的具体形式以及营业执照上的登记信息。以下是根据不同情况给出的具体建议：

1. 如果营业执照上仅登记了合作一方的信息：

   • 在合作关系结束后，持有营业执照的一方应继续保留该营业执照，并按照相关法律法规进行年检、变更等手续。
   • 如果合作期间有涉及营业执照的变更或注销事项，应按照相关规定及时办理。

2. 如果营业执照上登记了合作双方的信息：

   • 首先，双方应协商确定营业执照的后续处理方式，包括是否继续保留、变更或注销。
   • 如决定继续保留，应明确由哪一方负责保管和办理相关手续，以及另一方在必要时提供协助的义务。
   • 如决定变更或注销，应共同按照相关法律法规的要求，向工商登记部门提交申请，并完成相关手续。

3. 如果合作关系涉及公司设立或变更，且营业执照需相应调整：

   • 在合作关系结束后，如果公司结构或股东发生变化，可能需要办理营业执照的变更手续。
   • 双方应根据公司章程或相关协议，明确变更营业执照的责任方和流程，并确保及时完成变更手续。

4. 特别注意事项：

   • 无论营业执照上登记的是哪一方的信息，合作双方在结束合作关系时，都应确保营业执照的合法性和有效性，避免因未及时处理而导致法律风险。
   • 如因营业执照处理不当引发法律纠纷，双方应依据相关法律法规和合同条款，承担相应的法律责任。

综上所述，合作关系结束后营业执照的处理方式需根据具体情况而定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。