如果对方有欠条指纹但不承认借款，您可以采取以下措施来维护自己的权益：

首先，明确结论：您可以通过收集证据、与对方协商、向法院提起诉讼等方式来解决这一问题。

接下来，具体分析：

1. 收集证据：

   • 转账记录：如果借款是通过银行转账、支付宝、微信等方式进行的，这些转账记录可以作为借款的证据。请打印出相关的转账明细，明确显示转账的时间、金额、双方账户信息等。
   • 聊天记录：保存与对方关于借款的聊天记录，如短信、微信对话等，这些可以证明借款的合意。
   • 证人证言：如果有其他人知晓借款事实，可以请他们作为证人提供证言，证明借款的时间、地点、金额等情况。
   • 录音证据：如果与对方就借款进行过沟通，可以尝试进行录音，录音中应明确提及借款的事实、金额、还款计划等内容。
   • 笔迹及指纹鉴定：如果对方对欠条上的签名或指纹提出质疑，可以申请专业的笔迹及指纹鉴定，以确认其真实性。

2. 与对方协商：

   • 在证据充分的情况下，尝试与对方进行沟通，表明自己证据充足并要求对方还款。协商过程中，请保持冷静，并保留协商过程的记录。

3. 向法院提起诉讼：

   • 如果协商无果，您可以向法院提起诉讼。在起诉时，需要准备好起诉状、欠条、转账记录、聊天记录等所有相关证据。
   • 法院会根据双方提供的证据进行审理，并作出判决。如果对方仍不承认，法院可能会要求对方进行笔迹或指纹鉴定等进一步的调查。
   • 若判决您胜诉，但对方仍不履行还款义务，您可以在判决书规定的履行期限届满后，向法院申请强制执行。

最后，法律建议：

• 在处理此类纠纷时，请务必保持冷静和理性，不要采取过激行为。
• 尽可能多地收集证据，形成完整的证据链，以支持自己的主张。
• 如果您在法律方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和支持。