发明侵权纠纷主要由以下部门管理：
地方知识产权局：
- 负责处理本行政区域内的专利侵权纠纷。
- 当事人可以请求地方知识产权局进行调解或裁决。
- 若认定侵权成立，地方知识产权局可责令侵权人立即停止侵权。
人民法院：
- 审理各类民事纠纷，包括专利侵权纠纷。
- 专利权人或利害关系人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。
- 法院会依据《专利法》等相关法律，对侵权事实进行认定，并判定侵权责任。
在处理发明侵权纠纷时，当事人可以根据实际情况选择合适的处理部门。若希望快速制止侵权，可先请求地方知识产权局处理；若希望通过司法途径解决，则可直接向人民法院提起诉讼。同时，当事人应收集充分的侵权证据，以便在处理纠纷时维护自身权益。