父母将房屋由自己的儿子代持，这一行为在法律上是合法的，但前提是必须确保代持协议的真实性和合法性。下面我详细为您解释一下：

1. 代持协议的有效性：

   • 如果代持协议是父母与儿子双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议一般是有效的。这意味着，协议内容应明确代持的房屋具体信息、双方的权利义务、代持的期限等，以确保双方权益得到保障。
   • 代持行为还应符合相关的不动产登记规定。在办理房屋代持手续时，需要按照相关法律法规的要求进行登记，以确保代持行为的合法性。

2. 潜在风险与应对措施：

   • 房产登记在儿子名下会产生一些风险，例如儿子私自处置房产。为了规避这一风险，父母应留存好相关证据，如代持协议、房屋购买凭证等，以证实自己对房产的实际拥有权。
   • 如果代持协议存在缺陷，如代持目的不合法或协议内容不明确等，可能导致协议无效。因此，在签订代持协议时，应确保协议内容合法、明确，并咨询专业律师进行审查。

3. 法律建议：

   • 在进行房屋代持之前，建议父母与儿子充分沟通，明确代持的目的、期限和双方的权利义务，以确保代持行为的合法性和有效性。
   • 如果父母对代持行为存在疑虑或担忧，可以咨询专业律师进行法律咨询和风险评估，以确保自己的权益得到保障。

综上所述，父母将房屋由自己的儿子代持是合法的，但前提是必须确保代持协议的真实性和合法性。同时，父母应留存好相关证据以证实自己对房产的实际拥有权，并咨询专业律师进行法律咨询和风险评估。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。