加班费用差额的计算主要涉及到加班费的计算基数和加班时长，以及法定的加班费倍数。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

一、确定加班费的计算基数

1. 基本工资为基准：

   • 如果劳动合同中明确约定了基本工资，并且没有约定加班费的计算基数，或者约定的加班费计算基数不低于基本工资，那么加班费通常应以基本工资为基准进行计算。

2. 实际工资为基准：

   • 如果劳动合同中没有明确约定基本工资和加班费，但根据双方当事人提供的证据能够判断劳动者的工作时间和工资报酬，那么应将实际发放的工资报酬作为制度工作时间和加班时间的所有工资，以此计算出每小时的工资标准，作为加班费的计算基数。

3. 包含补贴、津贴、奖金：

   • 如果劳动合同中约定了基本工资，同时也支付了生活补贴、津贴、奖金等，这些形式的工资报酬在特定情况下（如补贴、津贴性质固定，不随效益变化）应计入加班费的计算基数。奖金则需根据发放依据和劳动者主张加班费期间的工作业绩来判断是否计入。

二、计算加班费

1. 工作日加班：

   • 加班费 = 小时工资 × 1.5 × 加班时长

2. 休息日加班：

   • 加班费 = 日工资 × 2 × 天数
   • 日工资 = 月工资 ÷ 21.75天

3. 法定节假日加班：

   • 加班费 = 日工资 × 3 × 天数

三、处理加班费用差额

1. 比较实际支付与应得金额：

   • 首先，根据上述方法计算出劳动者应得的加班费总额。
   • 然后，比较用人单位实际支付的加班费与应得加班费之间的差额。

2. 补足差额：

   • 如果用人单位实际支付的加班费少于应得加班费，那么用人单位需要补足差额部分。

3. 法律追讨：

   • 如果用人单位拒绝补足差额，劳动者可以通过向人力资源和社会保障局提交证据、发送《加班费追讨函》等方式进行追讨。在必要时，还可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。

四、注意事项

• 保留证据：劳动者应妥善保留加班通知、考勤记录等证据，以便在追讨加班费时使用。
• 及时追讨：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请，否则可能丧失胜诉权。
• 了解法律规定：劳动者应了解并熟悉《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规中关于加班费的规定，以便更好地维护自己的权益。

综上所述，加班费用差额的计算涉及到多个方面，包括加班费的计算基数、加班时长的确定、以及法定的加班费倍数实际支付与应得金额的比较等。劳动者在追讨加班费用差额时，应充分了解法律规定并保留相关证据，以便有效地维护自己的合法权益。