在自然人之间的借款合同中，未明确约定是否按照复利计算的情况下，我们需要根据法律规定来判断复利的合法性。

结论前置：自然人之间的借款合同，若未明确约定复利，但实际操作中采用了复利计算方式，其合法性取决于复利计算后的利率是否超过法定上限，以及本息之和是否超出法定限制。具体来说，合法的复利需满足以下条件：前期利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍；借款期间届满后应支付的本息之和不得超过以最初借款本金为基数、按该利率计算的整个借款期间的利息之和。

详细分析：

1. 复利计算的法律基础：

   • 根据相关法律规定，自然人之间的借款合同对支付利息没有约定或者约定不明确的，视为不支付利息。但若双方有约定，且利率不违反国家限制，则按约定执行。
   • 复利计算本身并非非法，关键在于利率是否合规。

2. 合法复利的条件：

   • 前期利率限制：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，前期利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。
   • 本息和限制：借款期间届满后，借款人应支付的本息之和不得超过以最初借款本金为基数、按法定利率计算的整个借款期间的利息之和。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 在签订借款合同时，应明确约定利息计算方式（包括是否复利）、利率、还款期限等关键条款。
   • 若采用复利计算，应确保利率和本息和均符合法定要求，以避免法律纠纷。

4. 法律建议：

   • 在进行民间借贷时，建议咨询专业律师，确保借贷行为的合法性和有效性。
   • 如遇纠纷，应及时寻求法律帮助，维护自身合法权益。

综上所述，自然人之间的借款合同中复利的合法性需根据具体情况判断。若未明确约定复利，但实际操作中采用复利计算，应确保利率和本息和均符合法定要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。