药品批发公司把药品批发给部队，在符合一定条件下是合法的。具体分析如下：
法律法规层面：
- 我国并没有明确的法律条文禁止药品批发公司向部队销售药品。
- 但需要注意的是，药品的销售和批发必须遵守《药品管理法》等相关法律法规，确保药品的质量、安全性和有效性。
部队特殊情况：
- 部队虽然有其特殊性，但在药品采购方面，也需要遵循一定的采购程序和规定。
- 如果部队有医疗机构许可证和有偿服务许可证，那么它就可以像其他医疗机构一样，从合法的药品批发公司采购药品。
- 如果部队没有上述证件，但确实需要采购药品，那么它应该通过合法的渠道，如与有资质的药品批发公司签订采购合同，并确保药品的质量和安全性。
实际操作层面：
- 药品批发公司在向部队销售药品时，应该查验部队的采购资质和证件，确保销售的合法性。
- 同时，药品批发公司也应该按照法律法规的要求，建立完善的药品销售记录和质量管理体系，确保药品的可追溯性和安全性。
综上所述，药品批发公司把药品批发给部队，在遵守相关法律法规和确保药品质量、安全性的前提下，是合法的。但具体操作时，需要双方按照法律法规和采购程序进行，并确保药品的合法性和安全性。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。