当案子到检察院阶段，如果发现证据和口供对不上，检察院会采取一系列严谨而细致的措施来审查判断，以确保案件事实的准确认定。以下是具体的处理流程和建议：
检察院的处理流程
深入调查核实：
- 再次讯问犯罪嫌疑人：检察院会安排工作人员对犯罪嫌疑人进行详细的讯问，探究口供与证据不一致的原因，是记忆误差、外界干扰，还是故意隐瞒、歪曲事实。
- 询问证人：检察院会询问与案件相关的证人，获取他们的陈述，以佐证或反驳犯罪嫌疑人的口供，或发现新的线索。
- 收集其他证据：检察院会努力调取书证、物证、视听资料、电子数据等，形成全面的证据体系，对口供和现有证据进行综合分析，以确定哪一次口供或哪些证据更符合客观事实。
审查证据的关联性和合法性：
- 关联性审查：检察院会仔细审查口供与其他在案证据之间的关联性，尝试构建证据链条。若某次口供能与其他证据相互印证，形成完整的证据闭环，则该口供的可信度会更高。
- 合法性审查：检察院会严格审查获取口供和证据的程序是否合法，排除任何非法方法收集的口供和证据，确保所有材料的合法性。
综合判断与处理：
- 认定事实并决定起诉：若检察院能依据现有证据准确认定案件事实，即使口供与部分证据存在不一致，也可依法作出起诉决定。此时，其他证据应已形成完整的证据体系，足以证明犯罪行为。
- 补充侦查：若现有证据无法排除口供与证据不一致带来的疑问，影响案件事实认定，检察院可将案件退回公安机关补充侦查，要求进一步收集证据，查明真相。补充侦查通常有限制次数和期限。
- 不起诉：若经补充侦查后，仍无法确定口供与证据的真实性和一致性，且现有证据不足以证明犯罪嫌疑人有罪，检察院可依法作出不起诉决定。
对犯罪嫌疑人的建议
- 保持口供的一致性和真实性：对于犯罪嫌疑人而言，保持口供的一致性至关重要。如需更改口供，应及时向检察官说明情况并提供合理的解释。
- 积极配合调查：积极配合检察院的调查工作，如实陈述事实，是每个公民应尽的义务和责任。这有助于案件的公正处理，也有助于保护自己的合法权益。
- 寻求法律援助：如果犯罪嫌疑人对案件处理流程或自己的权利义务有疑问，可以寻求专业的法律援助，以确保自己的权益得到妥善保护。
综上所述，当案子到检察院阶段发现证据和口供对不上时，检察院会遵循严格的法律程序进行处理。同时，犯罪嫌疑人也应积极配合调查工作，并寻求必要的法律援助以保护自己的合法权益。