对于机关事业单位之间的函不合理是否可以不予复函的问题，我的结论是：即使认为对方的函不合理，一般也不建议直接不予复函。以下是具体的分析：

1. 函件的性质与作用：

   • 机关事业单位之间的函件通常属于正式的工作沟通方式，具有法律或行政上的效力。
   • 函件的内容可能涉及工作协调、任务安排、资源调配等多个方面，是机关事业单位之间开展工作的重要依据。

2. 不予复函的潜在风险：

   • 影响工作关系：不予复函可能被视为对对方单位的不尊重或忽视，进而影响双方的工作关系和合作。
   • 法律责任：在某些情况下，如果函件内容涉及法律或行政规定，不予复函可能构成对法律或行政规定的违反，从而引发法律责任。
   • 信息不对称：不予复函可能导致对方单位无法及时了解情况或作出相应调整，进而影响工作的正常开展。

3. 合理的应对方式：

   • 及时复函：无论函件内容是否合理，都应及时复函，表明本单位的态度和立场。
   • 明确说明：在复函中，可以明确说明本单位对函件内容的看法和意见，包括认为不合理的地方及理由。
   • 寻求协商：如果双方对函件内容存在分歧，可以通过协商的方式寻求解决方案，以达到双方都能接受的结果。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果函件内容明显违反法律或行政规定，或者涉及重大利益纠纷，本单位在复函的同时，也可以考虑通过法律途径维护自身权益。

综上所述，即使认为对方的函不合理，一般也不建议直接不予复函。而是应该通过及时复函、明确说明、寻求协商等方式来妥善处理，以维护双方的工作关系和合作。如果涉及法律或行政规定的问题，还可以考虑通过法律途径解决。