商家故意把已经发货的订单录入系统，这一行为本身并不直接构成违法。但是，该行为可能涉及合同履行、消费者权益保护以及电子商务诚信经营等多个法律层面的问题。下面我详细为您分析：
合同履行角度：
- 如果商家与消费者之间签订了买卖合同，并且合同中明确约定了发货时间、订单录入系统等具体条款，那么商家应当按照合同约定履行义务。
- 如果商家故意在发货后才录入系统，且此行为违反了合同中的相关约定，那么商家可能构成合同违约，需要承担相应的违约责任。
消费者权益保护角度：
- 商家故意延迟录入订单，可能会误导消费者关于订单状态的信息，进而影响消费者的购物体验和决策。
- 如果商家的行为构成了对消费者的欺诈或误导，那么消费者有权依据《消费者权益保护法》等相关法律法规，要求商家承担相应的法律责任。
电子商务诚信经营角度：
- 商家在电子商务平台上经营，应当遵循诚信原则，确保订单信息的真实、准确和及时。
- 如果商家故意把已经发货的订单延迟录入系统，可能违反了电子商务平台的经营规则和诚信经营原则，平台有权对商家进行处罚。
综上所述，虽然商家故意把已经发货的订单录入系统本身不直接构成违法，但该行为可能涉及多个法律层面的问题，并可能给商家带来不利的法律后果。因此，建议商家在经营过程中严格遵守合同约定、保护消费者权益以及遵循电子商务诚信经营原则，以确保自身的合法权益和长远发展。如果您在这方面遇到了具体问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助和建议。