针对您提出的问题“法院能否判决公司实际控制人将公司在第三方债权偿还其本人债务”，我的结论是：在一般情况下，法院不能直接判决公司实际控制人用公司的第三方债权来偿还其个人债务。以下是对这一结论的详细解释：

1. 公司法人独立性原则：

   • 公司作为法人，具有独立的法律地位和财产权。公司的财产与股东的财产（包括实际控制人的财产）是相互独立的。
   • 公司的债权属于公司财产的一部分，应由公司自行管理和处分，而不能被用于偿还股东或实际控制人的个人债务。

2. 债权相对性原则：

   • 债权具有相对性，即债权人和债务人之间的权利义务关系仅存在于双方之间。
   • 公司的第三方债权是公司对第三方享有的权利，与公司实际控制人的个人债务无关。因此，公司实际控制人无权将公司的债权用于偿还其个人债务。

3. 法律程序与规定：

   • 如果公司实际控制人需要偿还个人债务，应当通过合法的个人财产或收入进行偿还。
   • 如果公司实际控制人滥用公司法人地位或股东权利，损害公司或其他股东的利益，可能会受到法律的制裁，包括但不限于民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

4. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如公司实际控制人通过非法手段将公司财产转移为个人财产，或者公司实际控制人的个人债务与公司存在某种形式的关联或混同，法院可能会根据具体案情和相关法律规定，对涉及的公司财产进行查封、冻结或划拨等措施。但这并不意味着公司实际控制人可以直接用公司的第三方债权来偿还其个人债务。

综上所述，法院在一般情况下不能直接判决公司实际控制人用公司的第三方债权来偿还其个人债务。这是基于公司法人独立性原则、债权相对性原则以及相关的法律程序与规定所得出的结论。如果您在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。