关于交通运输部对于高速公路工程违法分包行政处罚两年追诉期的认定，首先我们需要明确的是，行政处罚的追诉期通常被称为“追责时效”或“处罚时效”，它是指行政机关对违法行为人进行行政处罚的有效期限。超过这个期限，行政机关就不能再对违法行为人进行处罚。

一、核心结论

在交通运输领域，对于高速公路工程违法分包的行政处罚，其追诉期的认定主要依据的是《中华人民共和国行政处罚法》以及交通运输领域的相关法律法规。一般来说，如果法律法规没有特别规定，追诉期通常为两年。但请注意，这个两年期限并不是绝对的，它可能会因特定情况而延长或缩短。

二、详细分析

1. 一般规定：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。这里的“二年”就是一般的追诉期。

2. 特殊情况：

   • 如果违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。这意味着，对于某些特别严重或影响深远的违法行为，其追诉期可能会更长。
   • 另外，如果法律另有规定的，从其规定。这意味着，如果交通运输领域的特定法律法规对追诉期有特别规定，那么应当遵循这些特别规定。

3. 追诉期的起算：

   • 追诉期一般从违法行为发生之日起计算。但如果违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。这意味着，如果违法分包行为是持续进行的，那么追诉期将从行为结束之日起开始计算。

4. 时效中止与中断：

   • 在某些情况下，如违法行为人被依法控制、限制人身自由等，追诉期可能会中止或中断。具体情形需根据相关法律法规进行判定。

三、法律建议

如果你或你的企业面临高速公路工程违法分包的行政处罚问题，并且担心追诉期的问题，建议尽快咨询专业律师进行详细咨询。我可以根据你的具体情况，为你提供针对性的法律建议和应对策略。同时，也提醒你，无论追诉期如何规定，遵守法律法规、规范经营行为始终是最重要的。

综上所述，交通运输部对于高速公路工程违法分包行政处罚的两年追诉期并不是绝对的，它可能会因特定情况而有所变化。因此，在处理相关问题时，建议务必咨询专业律师以获取准确的法律意见。