自然资源部认定土地出让合同为民事合同。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。土地出让合同作为出让方与受让方之间就土地使用权出让事宜达成的协议，自然属于民事合同的范畴。
   • 自然资源部作为负责土地资源管理的政府部门，在土地出让过程中与受让方签订的合同，本质上是一种平等主体之间的财产关系协议，符合民事合同的基本特征。

2. 合同性质分析：

   • 土地出让合同具有明确的合同主体，即出让方（自然资源部）和受让方（通常是开发商或个人）。
   • 合同内容明确约定了土地使用权的出让条件、出让期限、出让金支付等核心条款，这些条款是双方协商一致的结果。
   • 合同双方基于平等、自愿的原则签订，不存在行政强制或单方面决定的情况。
   • 合同签订后，双方均需按照合同约定履行各自义务，如出让方需交付土地，受让方需支付出让金等。

3. 实践中的认定：

   • 在司法实践中，土地出让合同通常被认定为民事合同，并适用民法典的相关规定进行审理和裁判。
   • 如因土地出让合同发生纠纷，当事人可以依法向人民法院提起民事诉讼，通过司法程序解决争议。

综上所述，自然资源部认定的土地出让合同确实属于民事合同。如你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。