在停业整顿期间擅自经营是违法行为，企业或个人将因此承担一系列严重的法律后果。以下是对此问题的详细解答：
一、明确结论
停业整顿是行政机关对违规企业或个人采取的一种惩罚措施，要求在指定期间内停止经营活动并进行整改。若在此期间擅自经营，将构成违法行为，必须承担相应的法律责任。
二、行政处罚
警告与整改：对于初次或轻微违规的企业，行政机关通常会给予书面警告，并责令立即停止擅自经营行为，进行整改。
罚款：根据违法情节的严重程度和所在行业的具体规定，企业将被处以一定金额的罚款。罚款数额可能因行业不同而有所差异，例如在餐饮等行业，罚款可能高达数万元或更多。
没收违法所得与非法财物：企业在停业整顿期间通过擅自经营所获得的收入以及非法财物，将被行政机关依法没收。
吊销营业执照或许可证：对于严重违法行为，特别是涉及食品安全、公共安全等领域的违规行为，行政机关将吊销企业的营业执照或许可证，剥夺其合法经营资格。
责令再次停业整顿及强制执行：若企业拒不改正擅自经营的行为，行政机关不仅有权再次责令其停业整顿，还可以依法向人民法院申请强制执行，确保处罚决定得到落实。停业整顿的期限将从法院强制执行命令生效之日起开始计算。
三、其他后果
信用受损：企业的擅自经营行为将被记录在信用档案中，对其市场信誉造成严重影响。这将影响企业未来的商业合作、银行贷款、市场准入等方面。
刑事责任：在特定情况下，如因擅自经营导致重大安全事故、危害公众健康等严重后果，相关责任人可能触犯刑法，面临有期徒刑等刑事处罚。
四、总结与建议
综上所述，停业整顿期间擅自经营将面临严重的法律后果。因此，建议企业或个人在面临停业整顿处罚时，应严格遵守相关规定，确保在整顿期间不擅自经营。同时，加强合规管理，遵守法律法规，以维护自身的合法权益和市场声誉。