贪污防疫款5万元是会判刑的。具体来说，依据《刑法》及相关司法解释，贪污三万元至二十万元之间，属于“数额较大”，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。贪污5万元正处于此区间，因此必然受到刑事处罚。不过，法院在判罚时会综合考虑犯罪情节、危害后果、被告人认罪态度等因素。如果有自首、立功等情节，可以从轻或者减轻处罚；如果情节严重，比如贪污救灾等特定款物，即便贪污数额为5万元，也可能被判处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

以下是对此问题的详细分析：

1. 量刑依据：

   • 根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第三百八十三条，对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚。其中，“贪污数额较大或者有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金”。

2. 量刑考虑因素：

   • 贪污数额：这是量刑的主要依据之一，但并非唯一因素。
   • 犯罪情节：包括贪污手段是否恶劣、是否多次贪污、是否贪污特定款物（如防疫款）等。
   • 悔罪表现：被告人是否有自首、立功、退赃等悔罪表现，这些都可以作为从轻处罚的情节。
   • 社会影响：贪污行为对社会造成的负面影响程度也是量刑时需要考虑的因素之一。

3. 特定情形下的量刑：

   • 如果被告人曾因贪污、受贿、挪用公款受过党纪、行政处分，或者曾因故意犯罪受过刑事追究，或者赃款赃物用于非法活动，或者拒不交待赃款赃物去向或者拒不配合追缴工作，致使无法追缴，或者造成恶劣影响或者其他严重后果等，即便贪污数额未达到20万元，也可能被判处较重的刑罚。

4. 从轻处罚的法律依据：

   • 根据《刑法》第六十七条，犯罪以后自动投案，如实供述自己罪行的，是自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。
   • 根据《刑法》第六十八条，犯罪分子有揭发他人犯罪行为，查证属实的，或者提供重要线索，从而得以侦破其他案件等立功表现的，可以从轻或者减轻处罚。

综上所述，贪污防疫款5万元是会判刑的，具体量刑需由法院根据案件的具体情况来判定。如果你或你身边的人面临此类问题，建议尽早咨询专业律师，以便更好地了解法律后果并寻求合适的法律帮助。