当检察院面临有争议的案件时，其处理方式是一个严谨且多维度的过程，旨在确保司法的公正、公平和准确性。以下是对此类案件处理流程的详细阐述：

一、内部讨论与研究

首先，检察院内部会组织相关检察官对案件进行深入讨论和研究。他们会对案件的事实、证据以及法律适用等方面进行全面细致的分析，查阅大量的法律文献、案例以及相关司法解释，以寻求最准确的法律依据。这一步骤是确保案件处理准确性和合法性的基础。

二、与法院沟通与协商

在内部讨论与研究的基础上，检察院还会与法院进行沟通和协商。他们会向法院说明争议的情况和理由，听取法院的意见和看法。在必要的情况下，可能会共同组织研讨会或者专家论证会，邀请法学专家、学者以及司法实务界人士参与，共同探讨案件的处理方式。这一步骤有助于增进检察院与法院之间的理解和合作，确保案件处理的公正性和一致性。

三、遵循法律程序与原则

在处理存在争议的刑事案件时，检察院会严格遵循法律程序，确保每一个步骤都符合法律规定。同时，他们也会遵循“疑罪从无”等法律原则，对于证据不足、不能认定被告人有罪的案件，会依法作出不起诉决定或者建议法院作出无罪判决。这一步骤是保护被告人合法权益、避免冤假错案发生的重要保障。

四、特殊处理方式

对于某些特殊类型的案件，如涉及孕妇的案件，检察院会根据具体情况采取相对温和的处理方式。他们会综合考虑犯罪的性质、情节、社会危害性以及孕妇的个人情况等多方面因素，以确保法律的公正实施和对特殊群体的合理处置。

五、审判阶段与后续监督

如果案件进入审判阶段，检察院会积极履行其公诉职责，向法院提供充分的证据和法律依据。同时，他们也会关注法院的审理过程和判决结果，对于判决结果有争议的案件，会依法通过申诉等方式启动审判监督程序，请求人民法院重新审查案件。

综上所述，检察院处理有争议的案件是一个复杂而严谨的过程。他们会通过内部讨论与研究、与法院沟通与协商、遵循法律程序与原则、采取特殊处理方式以及关注审判阶段与后续监督等多种方式，确保案件处理的公正性、准确性和合法性。