针对您提出的“案件有争议怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律程序与实际操作的重要议题。案件争议的处理方式会因案件性质、涉及的法律领域以及争议的具体内容而有所不同。以下我将结合一般法律原则和具体实践，为您详细阐述案件争议的处理流程。
一、行政争议的处理
对于行政争议，如公民、法人或其他组织与行政机关之间的争议，可以依据《珠海经济特区行政争议调解办法》等相关规定进行处理。
调解申请：当事人可以向行政机关提出调解申请，行政机关也可以主动调解。申请可以书面或口头形式提出，书面申请需载明基本情况、调解请求、事实和理由等。
审查与受理：行政机关收到调解申请后，应在5个工作日内进行审查。符合规定的，应受理并送达受理通知书；不符合的，应送达不予受理通知书并说明理由。
调解过程：行政机关应指派相关业务工作人员开展调解，听取当事人陈述，讲解相关法律、法规和政策，促成双方达成调解协议。
调解结果：调解达成协议的，应制作行政调解协议书，明确当事人情况、基本事实、争议焦点、协议内容和履行方式等。调解未达成协议或调解终止的，行政机关应制作调解终止通知书并送达当事人。
二、刑事案件受理争议的处理
对于刑事案件受理过程中产生的认识分歧，如案管部门与业务部门之间的分歧，可以采取以下方式处理：
协商解决：在案管部门已受理案件并录入系统的情形下，可由分管院领导出面协调，业务部门办理该案件，并依法作出实体性处理。但这种方式应作为权宜之计，避免频繁使用浪费司法资源。
实质审查决定：案管部门在受理案件时，可仅进行形式审查，而将实质审查交由业务部门进行。业务部门根据卷宗等材料作出是否受理的决定，并依据相关法律规定进行处理。这种方式更符合司法程序的要求，有利于保障案件的公正处理。
三、一般争议处理原则
无论何种类型的案件争议，处理时都应遵循以下原则：
合法自愿原则：争议处理应依法进行，尊重当事人的自愿选择，不得强迫或诱导当事人接受调解或处理结果。
公平公正原则：处理争议时应保持中立立场，公平对待各方当事人，确保处理结果的公正性。
高效便民原则：争议处理应尽可能高效快捷，减少当事人的诉讼成本和时间成本，同时提供便利的争议解决途径。
四、建议与途径
寻求专业法律帮助：在处理案件争议时，建议当事人寻求专业律师或法律机构的帮助，以获取更准确的法律意见和更有效的争议解决策略。
利用调解机制：对于适合调解的案件争议，可以充分利用调解机制，通过协商达成双方都能接受的解决方案。
依法维权：如果争议无法通过调解解决，当事人应依法通过诉讼、仲裁等途径维护自己的合法权益。
综上所述，案件争议的处理需要根据具体情况选择合适的处理方式和原则。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。