药店社区和医院在使用医保时存在差异，这主要是由以下几个因素导致的：

首先，药店和医院是否是医保定点机构会直接影响医保的使用。只有在医保定点的医药机构（包括定点医疗机构和定点零售药店）就医购药产生的医疗费用，医保才会按规定予以报销。如果药店或医院不是医保定点机构，那么医保将不予报销（除非是急诊情况）。

其次，医院等级的不同也会导致医保报销比例的不同。一般来说，医疗机构等级越低，报销比例越高；等级越高，报销比例越低。这是因为不同等级的医疗机构在提供医疗服务时，其成本和收费标准存在差异，因此医保政策会相应调整报销比例，以体现公平性和合理性。

此外，参加的医保险种不同也会影响医保的使用。我国医疗保险制度分为职工医保和居民医保，由于职工医保缴纳费用更多，通常情况下，职工医保的报销比例会大于居民医保的报销比例。

最后，参保地的不同也是导致药店社区和医院使用医保存在差异的一个重要因素。医保实行属地管理原则，各统筹地区经济水平和医保基金的收支水平不同，因此各地医保报销比例的规定也不尽相同。这就意味着，在不同地区参保的人，即使在同一等级的医疗机构就医，其医保待遇也可能存在差异。

综上所述，药店社区和医院在使用医保时存在差异的原因主要包括是否是医保定点机构、医院等级不同、参加险种不同以及参保地不同等多个方面。这些因素共同影响了医保的报销比例和使用范围，使得不同场景下医保的使用情况存在差异。