医保在二级医院和三级医院的差别主要体现在医保报销比例上。我国将医疗机构分为一级、二级和三级，其中一级为基层医疗机构，二级和三级为更高级别的医疗机构。通常，医院等级越低，医保报销比例越高。

以某地区为例，城乡居民在一级医疗机构或社区医疗机构就医治疗时，医保政策范围内的报销比例可能高达90%；在二级医疗机构，报销比例可能会降至80%；而在三级医疗机构，报销比例可能进一步降至60%。这种报销比例的差异设计，主要是为了引导患者合理分级诊疗、有序就医。通过降低大医院的报销比例，可以鼓励患者对于小病或常见病首先选择基层医疗机构进行诊疗，从而缓解大医院的医疗资源压力，使医疗资源得到更合理的分配和利用。

总的来说，二级医院和三级医院在医保方面的主要差别在于报销比例的不同，这是为了引导患者根据病情合理选择医疗机构，实现医疗资源的优化配置。在实际就医过程中，建议患者根据自己的病情和医保政策，选择最合适的医疗机构进行就诊。