个人代开运费普通发票时，所需缴纳的个人所得税主要取决于所得类型及税务机关的认定。在大多数情况下，个人从事货运业务取得的收入被视为“经营所得”。这意味着，您需要按照年度收入总额减去成本、费用及损失后的余额来计算应纳税所得额，并适用5%至35%的超额累进税率。

关于代开发票的具体流程和税率，有两种常见的方式：

1. 自行在税务大厅开具：您需要携带身份证明、劳务合同等材料至税务机关申请代开。此时，您需要缴纳1%的增值税、0.06%的附加税，以及由企业代扣代缴的20%~40%个人所得税，具体比例根据您的所得金额而定。
2. 通过税收扶持园区代开：如果您选择这种方式，只需提供合同和业务真实承诺书，由专业人员安排代开。这种方式的优势在于，个税可以按0.5%~1.5%核定征收，综合税率在1.56%~2.56%之间。更重要的是，您在开票时即已缴清税款，无需受票方再次代扣代缴。

另外，自2021年4月1日起，国家税务总局已规定，对个体工商户、个人独资企业、合伙企业和个人代开货物运输业增值税发票时，不再预征个人所得税，而是改为由纳税人自行申报缴纳。这意味着您需要更加注意个人所得税的申报与缴纳流程。

在申报与缴纳方面，您通常需要按季度预缴个人所得税，并在次年3月31日前完成年度汇算清缴。确保您的申报准确无误，以避免多退少补的情况。

最后，请务必确保代开发票的业务真实性，以避免任何税务风险和法律责任。同时，合理利用税收优惠政策，以减轻您的税务负担。如果您对具体的税率、限额或申报流程有任何疑问，建议咨询当地税务机关或专业税务人员，以确保您的操作准确无误。