个体工商户开具运输发票时，需要缴纳的税种和税率确实比较复杂，主要包括以下几个税种：

一、增值税

对于个体工商户来说，如果是小规模纳税人，根据最新的税收政策，从2023年1月1日至2027年12月31日，适用3%征收率的应税销售收入，可以减按1%征收率征收增值税。这意味着，在这段时间内，您开具运输发票时，增值税的征收率实际上是1%。如果年应税销售额超过500万元，则需要登记为一般纳税人，此时税率为9%（部分运输服务可能为13%，具体依服务类型而定），应纳税额的计算公式为：应纳税额 = 当期销项税额 - 当期进项税额，其中销项税额 = 不含税销售额 × 税率。

二、附加税

附加税包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加，它们都是以实际缴纳的增值税为计税依据的。

• 城市维护建设税的税率根据地区不同而有所差异：市区为7%，县城、镇为5%，其他地区为1%。
• 教育费附加的征收率为3%。
• 地方教育附加的征收率一般为2%。

此外，从2023年1月1日至2027年12月31日，对增值税小规模纳税人还可以减半征收这些附加税。

三、个人所得税

个人所得税的计算稍微复杂一些，它是以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用及损失后的余额为应纳税所得额，然后适用5%-35%的超额累进税率。对于个体工商户来说，个人所得税的征收方式可能是查账征收（要求准确核算收入、成本、费用）或核定征收（税务机关核定应纳税所得额或应纳税额）。如果是个人代开运输发票，税务机关一般不再预征个人所得税，而是由支付方按照“经营所得”代扣代缴。

四、印花税

对于运输合同，印花税税率为运输费用的万分之三（部分地区或政策可能有差异）。但需要注意的是，从2022年1月1日至2024年12月31日，对于货运凭证（如运输货物出具的运费结算单据），印花税是免征的。这一政策具有时间限制，未来可能发生变化。

其他可能的税费

如果个体工商户购买了运输车辆，还需要缴纳车辆购置税；同时，拥有并使用运输车辆的个体工商户还需缴纳车船税。

综上所述，个体工商户开具运输发票时需要缴纳的税种和税率是比较复杂的，而且受到多种因素的影响。因此，建议在实际操作中咨询专业的税务人员或机构，以确保准确理解和遵守相关税务规定；同时，也要密切关注税务政策的更新与变化，以便及时调整税务处理策略。