个人扫码进账后是否可以开公司发票，这主要取决于具体的业务背景和法律规定。在一般情况下，个人扫码进账的资金如果是公司业务相关的收入，是可以开具公司发票的。但这要满足一些条件：

1. 业务真实性：这笔交易必须是真实发生的，与公司业务直接相关。
2. 合规性：公司需要有完善的账务管理制度，确保每一笔交易都合规，并可以提供必要的交易记录和凭证。
3. 税务登记：公司需要依法进行税务登记，并按照税法规定申报纳税。

然而，如果扫码进账的资金是个人之间的转账，或者是非公司业务相关的资金，那么通常是不能开具公司发票的。

在实际操作中，还需要根据具体的税务法规和公司政策来确定是否可以开具发票。如果你对此还有疑问，建议咨询公司的财务部门或当地的税务部门，以确保你的操作是合法和合规的。