对于不征税发票的后期处理，主要需要遵循国家税务总局的相关规定。以下是对不征税发票后期处理流程的详细解答：

一、不征税发票的开具规定

首先，要明确的是，增值税一般纳税人销售免税货物时，除国有粮食购销企业销售免税粮食外，一律不得开具专用发票。如果违反规定开具了专用发票，那么对其开具的销售额将依照增值税适用税率全额征收增值税，并且不得抵扣进项税额。同时，还会按照《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则的有关规定进行处罚。

二、不征税发票的后续管理

1. 发票的保管：

   • 对于已经开具的不征税发票，企业需要妥善保管，确保发票的完整性和安全性。
   • 如果发票发生遗失或损毁，应及时向税务机关报告，并按照相关规定进行处理。

2. 发票的作废与红冲：

   • 如果不征税发票开具错误或者需要更正，应根据增值税发票作废的相关规定进行作废或红冲处理。
   • 作废或红冲时，需确保符合税务机关的相关规定，并保留好相关凭证以备核查。

3. 税务申报与备案：

   • 企业在进行税务申报时，应如实申报不征税发票的开具情况。
   • 对于特定情况或需要备案的事项，应按照税务机关的要求进行备案。

4. 税务机关的监管与检查：

   • 税务机关有权对不征税发票的开具和使用情况进行监管和检查。
   • 企业应积极配合税务机关的检查工作，提供必要的资料和协助。

三、特殊情况的处理

对于一般纳税人销售的货物由先征后返或即征即退改为免征增值税的情况，如果其销售的货物全部为免征增值税的，税务机关将收缴其结存的专用发票，并且不得再对其发放专用发票。这种情况下，企业需要按照税务机关的要求进行发票的缴销和后续处理。

综上所述，不征税发票的后期处理需要遵循国家税务总局的相关规定，确保发票的合规性、完整性和安全性。企业在处理不征税发票时，应严格按照规定进行操作，以避免潜在的税务风险和法律责任。