关于两个儿子如何继承农村自建房的问题，这确实是一个涉及法律和家庭关系的复杂议题。以下是根据您提供的信息，结合相关法律规定，给出的详细解答：

一、继承原则

1. 共同财产原则：

   • 如果农村自建房是在父母婚姻关系存续期间所建，且没有明确约定只归一方所有，那么该房屋应视为夫妻共同财产，父母各拥有一半的产权。
   • 在父母去世后，他们各自的一半产权通常由两个儿子平均继承。

2. 遗嘱优先原则：

   • 如果父母在遗嘱中明确指定了自建房由某个儿子继承，那么就按照遗嘱执行。
   • 遗嘱必须合法有效，符合《继承法》的相关规定。

3. 特殊情况处理：

   • 如果房屋是在父母一方去世后由另一方单独建造或翻新，那么新增的产权部分属于去世方的个人财产，由其配偶和子女共同继承，通常也是平均分配。

二、继承流程

1. 确认产权：

   • 首先需要确认自建房的产权归属，包括是否属于夫妻共同财产，是否有遗嘱等。

2. 协商或诉讼：

   • 如果两个儿子对继承份额有异议，可以先进行协商，协商不成则可以通过诉讼等法律途径解决。

3. 办理继承手续：

   • 根据协商或诉讼结果，到相关部门办理继承手续，包括产权过户等。

三、注意事项

1. 宅基地规定：

   • 农村自建房的继承还可能涉及到农村宅基地的相关规定。宅基地是农村集体组织为保障农村村民居住而分配的土地，其使用权和所有权有特定的法律规定。
   • 在继承自建房时，需要遵守宅基地的相关规定，如不得随意转让给本集体组织以外的人员等。

2. 法律途径：

   • 如果在继承过程中遇到纠纷或问题，建议及时咨询专业律师或法律机构，通过法律途径解决。

3. 家庭和谐：

   • 继承问题往往涉及家庭关系，因此在处理过程中应注重家庭和谐，尽量避免因继承问题导致家庭矛盾。

综上所述，两个儿子继承农村自建房需要根据具体情况来确定继承方式和份额。在继承过程中，应遵守相关法律法规和宅基地规定，注重家庭和谐，并通过协商或法律途径解决纠纷。