两个公司的工资会合并进行个人所得税汇算。

在我国，个人所得税是对个人所得收入进行征收的税，而工资属于个人所得的一种。当个人在多个公司取得工资收入时，这些收入在税务上是需要合并计算的。具体来说，每年税务部门会进行个人所得税的汇算清缴，此时，个人从所有来源（包括不同公司）取得的工资收入都会被纳入汇算范围，按照税法规定计算应缴纳的个人所得税。

因此，如果你在两个或更多公司都有工资收入，那么这些收入在个人所得税汇算时会合并计算，以确定你应缴纳的税额。如果你对具体的税务处理有疑问，建议咨询当地税务部门或专业税务机构，以获取更准确的指导和帮助。当然，你也可以直接向我咨询与税务相关的法律问题。