当不是夫妻关系的两人同住酒店遇到查房时，可以按照以下方式来妥善应对：

首先，最重要的是保持冷静。查房是酒店正常的安全管理行为，不必惊慌失措，应配合工作人员的工作。

其次，需要如实说明关系。面对查房人员，应清晰、诚实地表明双方并非夫妻关系，可能是朋友、同事、亲属等其他关系，并给出合理的共同住宿解释，比如因工作、旅行安排等原因。

同时，应出示相关证件。通常，双方需要出示有效身份证件以证明身份信息真实。如果可能，提供其他辅助证明材料如活动邀请函、工作证明等，用以进一步佐证同住的合理性。

在一般情况下，只要能合理说明情况并配合检查，查房人员在确认无异常后会正常结束查房。然而，如果查房人员存在不合理要求或有侵犯隐私等行为，可以在事后向酒店管理层或相关监管部门反映，以维护自己的合法权益。

另外，重要的是要明确，查房时双方不是夫妻关系，并不直接构成违法。关键在于双方的行为是否合法、合规，以及是否能合理解释关系并遵守酒店及社会的相关规定。如果遇到任何法律问题或疑虑，咨询专业律师以获取法律建议和帮助是一个明智的选择。