查房时双方不是夫妻关系，并不直接构成违法，关键在于双方的行为是否合法、合规，以及是否能合理解释关系并遵守相关规定。以下是对不同场景下查房遇到非夫妻关系的综合法律见解：
一、酒店查房
若双方行为合法：
- 酒店查房主要是为了维护治安和管理秩序。若查房时发现双方非夫妻，但只要双方能出示有效身份证件，且登记信息与实际情况相符（如登记为朋友、同事等），并如实说明双方关系及入住原因，酒店一般不会进一步干涉。
若涉及违法违规行为：
- 若怀疑存在卖淫嫖娼等违法行为，警方或酒店可能会进一步调查。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第六十六条，卖淫、嫖娼者将处十日以上十五日以下拘留，并可并处五千元以下罚款；情节较轻者，处五日以下拘留或五百元以下罚款。
- 若违反酒店特定规定，如禁止未婚男女混住，酒店有权按规定要求客人更换房间或采取其他措施。
二、医院查房
- 在医院查房时，若发现探视人员与患者非夫妻，只要探视人员能合理说明身份（如亲属、朋友等），并遵守医院规定，通常不会有问题。若探视人员行为不当，如影响患者治疗或他人休息，医护人员有权要求其离开。
三、学校宿舍查房
- 在学校宿舍查房时，若发现留宿人员与宿舍学生非夫妻，通常会询问双方身份及留宿原因。对于非本校人员未经许可留宿的情况，学校会要求其离开，并可能根据校规校纪给予相应处分。
四、建议与注意事项
- 保持冷静与配合：遇到查房时，请保持冷静，积极配合询问和调查。
- 诚实解释关系：如实解释双方关系，避免隐瞒或编造事实。
- 了解权利与义务：在配合调查的同时，了解自己的法律权利和义务，确保合法权益不受侵犯。
- 遵守法律法规：确保行为符合法律法规要求，避免涉及任何违法活动。
综上所述，查房时双方非夫妻关系并不一定构成问题，关键在于行为的合法性、合规性以及能否合理解释关系并遵守相关规定。如有任何法律疑虑或问题，可直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。