在离婚案件中，关于两个孩子抚养权的判决，法院会遵循最有利于未成年子女的原则，并综合考虑多方面的因素来做出决定。

一、孩子长期跟随父亲生活的影响

若两个孩子一直随父亲生活，这将是法院在判决抚养权时的重要考量因素。一般来说，如果父亲能够提供稳定的生活环境、良好的教育条件，并且有利于孩子的身心健康成长，法院可能会倾向于将两个孩子的抚养权都判给父亲。然而，这并非绝对，法院还会考虑其他因素。

二、母亲抚养能力的考量

即使孩子长期跟随父亲生活，法院也会评估母亲的抚养能力和条件。如果母亲能够证明自身具备更适宜抚养孩子的条件，如经济状况改善、有更多时间陪伴孩子、能够提供更优质的教育资源等，或者孩子长期受父亲一方不良影响，法院也可能将一个或两个孩子的抚养权判给母亲。

三、孩子意愿的尊重

如果孩子已满八周岁，法院在判决抚养权时会尊重其真实意愿。这意味着，如果孩子明确表示愿意跟随父亲或母亲生活，法院将会把这一意愿作为重要参考因素。

四、其他综合因素

除了上述因素外，法院还会综合考虑以下方面：

• 父母的品德、健康状况以及是否能够提供良好的成长环境。
• 父母双方的经济状况、居住环境和教育背景等。
• 孩子与父母的亲子情感联系以及家庭环境的稳定性。

五、特殊情况的处理

如果父亲存在一些不利于孩子成长的因素，如不良嗜好、家庭暴力史或无法提供稳定的生活环境等，这些因素将严重影响法院对抚养权的判决。在这种情况下，法院可能会更倾向于将抚养权判给母亲或其他更适合抚养孩子的亲属。

综上所述，离婚时两个孩子的抚养权判决是一个复杂而细致的过程。法院会综合考虑多方面的因素，以确保孩子的最大利益得到保障。因此，无论是父亲还是母亲，在争取抚养权时都应该充分展示自己的抚养能力和条件，并尊重孩子的意愿和感受。