当您在个人所得税APP上对公司进行申诉后，如果税务机关经过调查确认公司确实存在个人所得税方面的问题，那么公司将会根据违规的严重程度面临一系列的法律后果。

对于一般的违规行为，公司可能需要补缴税款和滞纳金。例如，如果公司未按规定代扣代缴员工的个人所得税，如少申报工资或其他应税所得，税务机关将责令公司在限期内补缴，并且从滞纳税款之日起，按日加收万分之五的滞纳金。此外，公司还可能受到行政处罚，包括罚款等，罚款金额通常是应扣未扣、应收未收税款的百分之五十以上三倍以下。

如果公司的行为构成严重的违法犯罪，比如逃税罪，那么公司将面临更严厉的处罚。逃税罪的认定标准包括公司采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或不申报，逃避缴纳的个人所得税数额较大且占应纳税额的百分之十以上。一旦构成逃税罪，公司可能会被处以三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。如果逃税数额巨大且占应纳税额的百分之三十以上，那么处罚将更加严厉，可能是三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

除了法律处罚，公司的声誉和经营管理也会受到严重影响。税务违规行为被查处后，公司的市场形象会受损，可能导致客户和合作伙伴的信任度下降，进而影响业务拓展。同时，税务机关的调查可能会打乱公司的正常经营秩序，增加运营成本。

因此，对公司来说，严格遵守税法、加强内部财务管理和税务合规建设至关重要。公司应确保按时足额缴纳税款，履行代扣代缴个人所得税的义务，并建立健全税务管理制度，定期进行税务自查，以防范税务风险。

最后，也提醒您在举报前应充分了解法律法规和程序要求，确保举报基于事实，并提供充分证据，以避免不实或恶意举报带来的法律责任。