个体工商户在特定情况下是可能会被税务部门查流水的。这主要发生在税务部门对个体户的税务情况进行稽查时，如果发现个体户的银行账户流水存在异常，比如资金流动频繁、数额巨大且与申报的税务情况不符，或者交易信息存在虚假等情况，都可能触发税务部门的进一步调查。

税务部门稽查的主要方式包括大数据监测和交易链核查。大数据监测是通过金税系统等工具分析个体户及相关人员的银行交易数据，实时监控资金流向，一旦发现异常流动，系统将自动触发预警机制。交易链核查则是税务部门对个体户的上下游企业的交易数据进行交叉比对，若发现数据不符或存在异常，也会立即预警并纳入重点监管范围。

因此，对于个体工商户来说，确保业务的真实性以及财务数据的准确性至关重要。建议个体户定期自查，包括核查每笔交易的真实性，完整留存合同、物流单据、付款凭证等业务佐证材料，以及按月核查银行流水与账面记录，确保纳税申报数据与发票开具情况匹配，及时发现并处理任何异常资金往来。

同时，个体工商户也可以关注并了解相关的税收优惠政策，如符合条件可以申请享受免个税和免增值税等优惠政策，以降低自身的税负压力。但请注意，享受优惠政策的前提是业务真实且符合相关规定，否则可能会面临税务部门的处罚。