当您交了灵活就业社保后，关于农村合作医疗（农合）的处理方式，主要取决于您个人的需求和实际情况。以下是一些建议供您参考：

首先，需要明确的是，灵活就业社保和农村合作医疗在性质上是不同的。灵活就业社保通常包括养老保险和医疗保险，是为灵活就业人员提供的社会保障；而农村合作医疗是农村居民的医疗保险，两者在保障范围、缴费标准和报销政策上存在差异。

如果您已经参加了灵活就业社保，并且打算继续保留这份保障，那么您可能不需要再参加农村合作医疗。因为灵活就业社保中的医疗保险已经能够为您提供一定程度的医疗保障。此时，您可以考虑停止农村合作医疗的缴费，以避免重复参保和缴费。

如果您希望同时保留灵活就业社保和农村合作医疗，那么您需要了解两者之间的衔接和报销政策。在某些情况下，两者可能存在一定的互补性，但也可能存在报销上的冲突或限制。因此，建议您咨询当地的社保或医保部门，了解具体的政策规定和操作流程。

另外，如果您之前已经参加了农村合作医疗，但现在转为灵活就业并参加了社保，那么您需要办理农村合作医疗的停保手续。具体停保流程可能因地区而异，一般需要携带有效身份证件到当地的医保经办机构或社保所办理。在办理停保手续时，您可以咨询工作人员关于后续的医疗保障和报销政策。

总之，交了灵活就业社保后如何处理农村合作医疗，需要根据您的个人需求和实际情况来决定。建议您咨询当地的社保或医保部门，了解具体的政策规定和操作流程，以便做出更合适的选择。