关于渔业运输船是否可以申请捕捞许可证的问题，我们需要从相关的法律法规出发来进行详细解答。

首先，我们要明确的是，捕捞许可证的发放和管理主要依据的是《渔业捕捞许可管理规定》以及农业农村部发布的相关通告。这些规定和通告明确了捕捞许可证的申请条件、审批程序以及管理要求。

针对渔业运输船这一特定类型，从您提供的参考信息中，我们可以看到捕捞辅助船的相关配套服务安排。然而，这并不意味着渔业运输船可以直接申请捕捞许可证。捕捞辅助船主要是为捕捞作业提供配套服务的，如运输、补给等，并不直接参与捕捞活动。

根据《渔业捕捞许可管理规定》及农业农村部的相关通告，捕捞许可证通常是针对直接从事捕捞作业的渔船发放的。这些渔船需要满足一定的条件，如具有合法的渔业船舶所有权登记证书、渔业捕捞许可证核定的作业类型（方式）符合规定、作业场所和时限符合伏季休渔期间专项捕捞许可的要求等。

因此，渔业运输船本身并不具备直接申请捕捞许可证的资格。它们的主要职责是提供运输等配套服务，而不是直接进行捕捞作业。如果渔业运输船想要参与捕捞活动，那么它们需要按照相关规定进行改造和申请，以满足捕捞许可证的发放条件。

综上所述，渔业运输船不能直接申请捕捞许可证，它们的主要职责是提供运输等配套服务。如果需要进行捕捞作业，应按照相关规定进行申请和改造。希望这个解答能够清晰地回答您的问题。