南水北调占用耕地时，确实是有补偿款的。南水北调工程作为一项重大的国家工程，在建设和推进过程中，如果占用了农民或土地所有者的耕地，国家会依法给予相应的补偿。

补偿款通常包含以下几个部分：

1. 土地补偿费：这部分费用是基于被征用耕地的年均产值来计算的，具体数额通常是该耕地被征用前年均产值的数倍。这一补偿旨在弥补土地所有者因土地被占用而失去的经济收益。
2. 安置补助费：对于因土地被占用而需要安置的农业人口，国家会提供安置补助费。这部分费用的计算通常基于需安置的农业人口数，旨在帮助被安置人口重新找到生活来源和居住地。
3. 地上附着物与青苗补偿费：如果被占用的耕地上有附着物（如建筑物、构筑物等）或青苗（如农作物、林木等），国家也会根据实际情况给予合理的补偿。这部分费用的计算通常基于附着物和青苗的实际价值。

具体的补偿标准和方式由各省市自行制定并公布区片综合地价，同时还会结合耕地的位置、质量、用途等多重因素进行考量。因此，不同地区的补偿标准可能会有所差异。

如果土地所有者或使用者对补偿结果有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的权益。在申请复议或诉讼过程中，建议咨询专业律师以获取更详细的法律建议和帮助。

总的来说，南水北调工程占用耕地时是有补偿款的，且补偿款包含多个部分以全面保障土地所有者和使用者的合法权益。