城镇土地使用税的土地性质主要是依据国土部门核发的《国有土地使用证》上注明的用地性质来确定。税务机关会按照这一用地性质来依率计征土地使用税。如果土地的实际用途与《国有土地使用证》上注明的用地性质不一致，例如工业用地被用作商业用途，或者商业用地被用作工业用途等，税务机关有权启动核定权，按照同类用地的标准来征税，并且会向国土部门报告这一情况。

此外，如果纳税人同时拥有“工业用地”和“非工业用地”，那么需要提供国土部门的土地用途划分证明和图纸，以便税务机关准确计算税额。如果无法提供这些证明文件，税务机关将会按照从高原则来征税。

总的来说，城镇土地使用税的土地性质是以《国有土地使用证》上注明的用地性质为准，但实际用途与注明性质不一致时，税务机关会根据实际情况进行调整。