商铺转让时土地增值税的扣除项目与计算是一个详细且具体的过程，以下是针对您问题的详细解答：
一、土地增值税基本概念
土地增值税是对土地使用权转让及出售建筑物时所产生的价格增值额作为计税依据而征收的税种。其核心在于确定增值额，并据此计算应纳税额。
二、扣除项目
在计算土地增值税时，关键的扣除项目包括：
- 取得土地使用权所支付的金额：这通常包括土地出让金、地价款及相关税费（如契税）。
- 旧房及建筑物的评估价格或重置成本价：对于转让旧房，需要提供评估价格或按照重置成本价乘以成新度折扣率来计算。如果是购房发票，则按照发票金额乘以（1+5%×房产实际持有年数）来计算。
- 与转让房地产有关的税金：这包括城市维护建设税、印花税、教育费附加等。
- 评估费用：如果提供了评估报告，相关的评估费用也是可以扣除的。
- 加计扣除：对于从事房地产开发的纳税人，还可以按土地使用权支付金额与开发成本之和加计20%扣除（此条针对开发企业，非个人转让旧房）。
三、计算步骤
- 确定转让收入：包括所有货币、实物及其他形式的收入。
- 计算扣除项目金额：将上述扣除项目相加得到总扣除金额。
- 计算增值额：增值额 = 转让收入 - 扣除项目金额。
- 计算增值率：增值率 = 增值额 ÷ 扣除项目金额 × 100%。
- 根据增值率确定税率和速算扣除系数：
- 增值率≤50%：税率30%，速算扣除系数0。
- 50%<增值率≤100%：税率40%，速算扣除系数5%。
- 100%<增值率≤200%：税率50%，速算扣除系数15%。
- 增值率>200%：税率60%，速算扣除系数35%。
- 计算应纳税额：应纳税额 = 增值额 × 适用税率 - 扣除项目金额 × 速算扣除系数。
四、特殊规定
- 如果个人转让的是旧房，且既没有评估报告也不能提供购房发票，根据规定可能会按核定征收率征收土地增值税，如广州市暂按5%的核定征收率征收。
- 纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%时，可免征土地增值税。但商铺不属于此范畴。
- 个人销售住房（非商铺）暂免征收土地增值税。
五、建议
由于土地增值税的计算涉及多个因素和复杂的税率结构，建议在进行商铺转让时咨询专业的税务人员或律师，以确保计算的准确性和合规性。同时，也需要关注当地税收政策的具体规定和变动情况。