关于合作社开具的农产品普通发票是否可以抵扣的问题，这主要取决于发票的性质、商品的用途以及发票的合规性。以下是对此问题的详细解答：
一、可以抵扣的情况
自产自销农产品：
- 根据《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》，农业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税。
- 在这种情况下，如果合作社开具的是增值税普通发票（农产品销售发票），且购买方为一般纳税人，购进的农产品用于生产经营等增值税应税项目，那么购买方可以按照发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算并抵扣进项税额。
- 扣除率一般为9%，但如果购进的农产品用于生产或委托加工13%税率货物的，扣除率则为10%。
增值税专用发票：
- 如果合作社是增值税一般纳税人，并且对外销售货物时开具了增值税专用发票，那么购买方（一般纳税人）在用于增值税应税项目的情况下，也可以凭票抵扣相应税额。
二、不可以抵扣的情况
- 非农产品销售：如果合作社开具的发票并非针对农产品销售，那么该发票不可用于抵扣。
- 特定用途：即使购进的是农产品，但如果购买方将其用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费等，也不可抵扣。
- 发票不合规：如发票未套印全国统一发票监制章、发票信息不真实、不完整或存在其他合规性问题，均不得作为抵扣凭证。
三、抵扣流程与注意事项
- 计算税额：购买方在取得合法有效的合作社开具的农产品销售发票后，应依据发票上注明的农产品买价和对应的扣除率，准确计算出可抵扣的进项税额。
- 申报抵扣：在进行增值税纳税申报时，需将计算得出的进项税额正确填写在增值税及附加税费申报表的相关栏目中。
- 发票真实性验证：购买方应仔细核对发票的真实性、合规性，确保发票信息与实际购买情况完全一致。
- 保留相关凭证：购买方应妥善保存相关发票和抵扣凭证，以备税务机关核查。
综上所述，合作社开具的农产品普通发票在符合特定条件下是可以用于抵扣进项税额的。但请务必确保发票的合法性和有效性，并严格按照规定的流程进行申报和抵扣。如有任何疑问或复杂情况，建议咨询专业的税务人员或律师。