如果公司多发了工资并因此多报了个税，您可以按照以下步骤处理：

一、确认多发工资及多报税的情况

首先，您需要仔细核对工资单和个税申报记录，确保确实存在多发工资且因此导致多报税的情况。这通常可以通过查看个人所得税APP或联系公司财务部门进行确认。

二、与公司财务部门沟通

一旦确认存在多发工资及多报税的问题，建议您及时与公司财务部门或相关负责人进行沟通。说明情况，并请求他们进行更正。公司财务部门应该会理解并协助您处理这个问题，因为这也是他们的工作职责之一。

三、提交异议申诉

如果公司财务部门不进行修正，您可以在个人所得税APP上发起异议申诉。具体操作如下：

1. 打开个人所得税APP，并登录您的账号。
2. 在APP中找到“我要查询”或类似的选项，点击进入。
3. 在查询页面中找到“收入纳税明细查询”或类似的选项，点击进入。
4. 找到存在问题的月份或年度，点击查看详细记录。
5. 如果确实存在未实际取得的收入被申报，您可以点击“申诉”按钮，按照提示填写相关信息并提交申诉。

提交异议申诉后，税务部门会对您的申诉进行审核，并根据实际情况进行更正。如果申诉成功，多报的个税将会被退回或用于抵扣未来的税款。

四、关注后续处理结果

提交异议申诉后，您需要关注税务部门的处理结果。通常，税务部门会在一定时间内对您的申诉进行回复。如果申诉被接受并更正，您需要确认更正后的个税申报记录是否正确。如果申诉未被接受，您可以进一步咨询税务部门或寻求专业税务机构的帮助。

五、总结经验教训

最后，建议您从这次经历中总结经验教训，确保未来在工资发放和个税申报方面更加谨慎。同时，也可以与公司财务部门建立更好的沟通机制，避免类似问题的再次发生。

总之，如果公司多发了工资并因此多报了个税，您不必过于担心。通过与公司财务部门沟通和在个人所得税APP上发起异议申诉，您可以有效地解决这个问题。