医疗机构医院现在需要持有的证件主要包括《设置医疗机构批准书》和《医疗机构执业许可证》。但具体所需证件可能会根据地区、医疗机构类型以及相关政策的不同而有所差异。

首先，《设置医疗机构批准书》是医疗机构设置前需要获得的批准文件，其有效期根据医疗机构的床位数量而定，不设床位的医疗机构有效期为1年，不满500张床位的为3年，500张床位以上（含500张）的为5年。有效期届满需要延续的，需在有效期届满三十日前向审批机关提出延期申请。

其次，《医疗机构执业许可证》是医疗机构执业时必须持有的证件，其有效期限起止日期应保持一致，根据医疗机构的校验期而定，校验期为1年的，有效期限为5年；校验期为3年的，有效期限为15年。对于涉境外资本举办的独资、合资、合作医疗机构，《医疗机构执业许可证》有效期为5年，每年校验一次。

此外，值得注意的是，部分医疗机构设置审批与执业登记可能实行“两证合一”。即除三级医院、三级妇幼保健院、急救中心、急救站、临床检验中心、中外合资合作医疗机构、港澳台独资医疗机构外，举办其他医疗机构的，卫生健康行政部门可能不再核发《设置医疗机构批准书》，仅在执业登记时发放《医疗机构执业许可证》。

总的来说，医疗机构需要持有的证件可能会因各种因素而有所不同。因此，在具体办理时，建议咨询当地卫生健康行政部门或相关机构以获取最准确的信息和要求。