基本农田变更为建设用地的程序是一个相对复杂且严格的过程，需要遵循一系列法律法规和政策规定。以下是详细的步骤和说明：

一、预选符合规划的农用地

首先，需要预选一块符合土地利用总体规划、城市建设总体规划和土地利用年度计划中确定的农用地转用指标的农用地。这一步骤是确保所选农用地符合转为建设用地的基本条件，不符合规划的土地将不得被批准转为建设用地。

二、编制建设项目可行性论证

确认该农用地可以用于建设后，需要根据建设部门的要求，进行和编制建设项目可行性论证。这一论证应详细阐述建设项目的必要性、可行性以及用地需求等。完成论证后，向建设部门提交用地申请，并缴纳选址规费。建设部门审查符合要求的，将颁发建设项目的《选址意见书》。

三、提出用地预审申请

接下来，需要向相关部门提出用地预审申请，以便对建设项目的用地进行初步审查。这一步骤主要是为了确保建设项目用地符合土地利用政策和相关规定。

四、办理手续、缴纳审批费用

在用地预审通过后，需要按照相关规定办理后续手续，并缴纳相应的审批费用。这些费用通常包括土地评估费、土地出让金等。

五、提出项目用地的正式申请

完成前期准备工作后，需要向有批准权的人民政府或土地行政主管部门提出项目用地的正式申请。申请时应提交完整的材料，包括建设项目批准文件、选址意见书、用地预审报告等。

六、各级政府审批

有批准权的人民政府或土地行政主管部门将对申请进行审查，并根据土地管理法的相关规定进行审批。审批权限根据建设项目的性质和规模而定，可能涉及省、自治区、直辖市人民政府或国务院的批准。

七、办理征地手续

如果建设项目需要征收土地，那么需要由国土资源局具体负责对该农用地的所有权人和使用权人进行征用，并签订补偿安置协议。征地手续应按照征地程序进行，确保被征地人的合法权益得到保障。

八、领取用地批准文件

在征地的补偿、安置补助完成后，国土资源局将向用地单位发出批准用地文件和《建设用地批准书》。被征地单位应在规定的期限内交出土地。

九、缴纳出让费，获得土地使用权

最后，土地征用后，该土地即成为国有土地。由国土资源局与土地使用者按照相关规定签订《国有土地有偿使用合同》，并出让供地。用地单位需按约定缴纳出让费用后，才能获得土地使用权。

综上所述，基本农田变更为建设用地的程序涉及多个环节和部门，需要严格按照法律法规和政策规定进行。在办理过程中，应确保所有手续齐全、合法合规，以保障建设项目的顺利进行和土地资源的合理利用。